Klimat jest bardzo urozmaicony. Na południu panuje gorący i wilgotny klimat subtropikalny, w rejonach centralnych - umiarkowany, w wysokich partiach Himalajów - arktyczny (późną jesienią i zimą temperatura spada nawet poniżej -40°C). Pasmo wielkich Himalajów stanowi granicę klimatyczną. Krainy na północy mają klimat suchy, pozostający pod wpływem pustynnego wnętrza kontynentu.
Poniższa tabelka pokazue średnią temperaturę miesiąca w kilku wybranych miesiącach (°C).
| Miejsce | Namche Bazar | Jomosom | Kathmandu | Pokhara | Chitwan |
|---|---|---|---|---|---|
| Wysokość | 3440 m | 2710 m | 1350 m | 900 m | 150 m |
| min-max | min-max | min-max | min-max | min-max | |
| Styczeń | -6 do 6 | -2 do 11 | 2 do 17 | 6 do 19 | 8 do 13 |
| Luty | -4 do 6 | 1 do 12 | 3 do 21 | 8 do 22 | 11 do 28 |
| Marzec | -2 do 8 | 2 do 16 | 9 do 25 | 14 do 27 | 17 do 33 |
| Kwiecień | 1 do 11 | 4 do 20 | 11 do 27 | 17 do 31 | 19 do 37 |
| Maj | 3 do 14 | 7 do 23 | 16 do 28 | 19 do 31 | 22 do 37 |
| Czerwiec | 7 do 15 | 13 do 25 | 19 do 28 | 21 do 31 | 23 do 34 |
| Lipiec | 8 do 16 | 14 do 25 | 20 do 28 | 21 do 30 | 25 do 33 |
| Sierpień | 8 do 16 | 14 do 25 | 20 do 27 | 21 do 29 | 24 do 32 |
| Wrzesień | 7 do 15 | 11 do 23 | 19 do 26 | 20 do 28 | 24 do 32 |
| Październik | 1 do 11 | 5 do 13 | 12 do 25 | 15 do 27 | 19 do 31 |
| Listopad | -3 do 8 | 1 do 15 | 8 do 21 | 11 do 24 | 14 do 27 |
| Grudzień | -4 do 7 | -2 do 13 | 3 do 19 | 8 do 20 | 8 do 24 |
Klimat Nepalu warunkują okresowe wiatry zwane monsunami. Wiejący od Oceanu Indyjskiego w czerwcu i lipcu monsun letni przynosi masy wilgotnego powietrza i obfite opady na południowych stokach Himalajów. Wiejący od strony kontynentu monsun zimowy w wysokich partiach gór jest bardzo gwałtowny i niesie ze sobą suszę.
Nepal leży na granicy dwóch krain zoogeograficznych: obejmującej Europę, północną Afrykę i północną Azję strefy paleoarktycznej oraz obejmującej niemal cały subkontynent indyjski i większą część pd.-wschodniej Azji strefy orientalnej. Efektem jest wielkie zróżnicowanie występującej tu fauny. Faunę orientalną spotykamy głównie w Teraju, faunę paleoarktyczną - na zachodnich stokach Himalajów.
Wiele spośród zwierząt znajduje się pod ścisłą ochroną. W szczególności pod ochroną znajdują się: tygrys bengalski, nosorożec indyjski, dziki słoń, panda mała, pantera śnieżna, kilka gatunków antylop, jeleni i dzikich owiec, krokodyl bagienny, gawial gangesowy, delfin słodkowodny i kilka gatunków ptaków, m. in. narodowy ptak Nepalu - bażant himalajski, zwany Danphe. Chronione są także małpy (langury, makaki i rezusy), ponieważ uważane są za święte. Najłatwiej napotkać ciekawe dzikie zwierzęta na terenie 16 istniejących w Nepalu parków narodowych, rezerwatów i obszarów chronionych.
Warunki klimatyczne sprzyjają również rozwojowi flory: dzikiej i uprawianej przez człowieka. Urozmaiconą roślinność spotykamy w trzech strefach: